Khi mới thành lập, cơ sở vật chất của nhà trường còn rất nhiều khó khăn, thiếu thốn do tiếp quản cơ sở sản xuất bánh kẹo huyện Bảo Thắng. Đối tượng là học sinh Tiểu học, các em còn nhỏ nên rất bỡ ngỡ khi vào trường. Các em đã được các thầy giáo, cô giáo tận tình hướng dẫn từ cách ăn, ở, sinh hoạt hàng ngày đến vệ sinh cá nhân để các em làm quen với nếp sống sinh hoạt tập thể.

Qua một thời gian tuyển sinh học sinh Tiểu học, xuất phát từ thực tế sinh hoạt của học sinh, UBND tỉnh Lào Cai đã chỉ đạo không tuyển học sinh Tiểu học mà chuyển sang tuyển học sinh Trung học cơ sở. Cơ sở vật chất trường đã dần được nâng lên. Mặc dù vậy, nhà trường chưa đạt được chuẩn quy định như: chưa có các phòng chức năng, khu nhà ăn, khu nội trú, khu vệ sinh chưa đảm bảo.

Được sự quan tâm lãnh đạo của Huyện ủy, UBND huyện có đề án xây dựng trường chuẩn quốc gia, Sở GD&ĐT Lào Cai có chương trình chỉ đạo sát sao và ưu tiên  chuyển các dự án cấp quốc gia dành cho nhà trường, Phòng Giáo dục và Đào tạo huyện chỉ đạo về chuyên môn, do đó cơ sở vật chất thiết bị và các điều kiện khác phục vụ cho công việc dạy và học đã được đảm bảo, chất lượng giáo dục đã được nâng lên, trường đã khang trang sạch đẹp hơn. Cơ sở vật chất nhà trường được xây dựng từ các nguồn vốn và dự án của tỉnh, huyện, dự án của sở GD&ĐT, dự án THCS 2 của Bộ GD&ĐT, đã đầu tư xây dựng cho trường Phổ thông Dân tộc Nội trú quy mô cơ sở vật chất gồm 8 phòng học cấp 3 hai tầng cho 8 lớp, đảm bảo mỗi lớp học có không quá 35 học sinh/ lớp, có đủ các phòng chức năng và các trang thiết bị phục vụ cho hoạt động của nhà trường. Quy mô trường lớp: Tổng số 8 lớp với 280 học sinh (mỗi khối 2 lớp với 70 học sinh); đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên thời kì này dao động từ 30 đến 43 người.

Đến tháng 7/2009 trường PTDT Nội trú được Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai công nhận trường học đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn 2005-2010. Những năm tiếp theo, nhà trường được đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, trang thiết bị dạy học để đảm bảo duy trì tốt chất lượng trường học đạt chuẩn quốc gia.

Đến năm 2015, cơ sở vật chất nhà trường được đầu tư xây dựng mới khu ở nội trú. Tại thời điểm, có 2 khu nhà ở nội trú 3 tầng với 54 phòng ở có công trình vệ sinh khép kín. Nhà trường sắp xếp học sinh nam ở khu A, học sinh nữ ở khu B riêng biệt. Tại khu A, có phòng trực của giáo viên và phòng Y tế để thường trực 24/24 giờ quản lý và chăm sóc học sinh. Có Hội trường, các phòng học chức năng (phòng Tin học, Tiếng Anh, Vật lý- Công nghệ, Sinh - Hóa), có thư viện đạt chuẩn, phòng truyền thống, phòng Đội là nơi các em được học tập và thực hành các bộ môn. Ngoài ra, trường có khu hiệu bộ, khu nhà bếp, nhà ăn, có công trình vệ sinh riêng cho GV, HS.

Đến tháng 12/2015, theo quyết định số 4360/QĐ-UBND ngày 01/12/2015 của UBND tỉnh Lào Cai, Quyết định thành lập trường Phổ thông dân tộc nội trú Trung học cơ sở và Trung học phổ thông huyện Bảo Thắng (viết tắt là PTDTNT THCS&THPT). Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bảo Thắng là đơn vị sự nghiệp giáo dục công lập trực thuộc Sở GD&ĐT tỉnh Lào Cai, chịu sự quản lý trực tiếp toàn diện của Sở GD&ĐT tỉnh Lào Cai.

Từ đó đến nay, trường có 02 cấp học và mang tên Trường PTDTNT THCS&THPT huyện Bảo Thắng, hàng năm đều tổ chức tuyển sinh vào đầu cấp (lớp 6 và lớp 10), năm học 2018-2019 trường đã có học sinh lớp 12 ra trường.

Năm học 2019-2020, nhà trường có 14 lớp với tổng số 483 học sinh, trong đó THCS có 8 lớp với 280 học sinh; THPT có 6 lớp với 203 học sinh,  các em học sinh đều ngoan, có ý thức học tập, chấp hành tốt nội quy của nhà trường. Các em được tham gia các hoạt động giáo dục trong nhà trường: Học tập, vui chơi, sinh hoạt nội trú, các cuộc thi, hoạt động trải nghiệm sáng tạo, hoạt động ngoài giờ lên lớp...tạo sân chơi bổ ích thu hút học sinh tham gia, tạo động lực cho các em học tập tốt hơn.

Về đội ngũ, toàn trường có 49 đồng chí cán bộ, giáo viên, nhân viên, trong đó có 03 đồng chí là cán bộ quản lý (đều có trình độ đại học sư phạm, 01 đồng chí là thạc sĩ quản lý và đều có trình độ trung cấp LLCT); có 30 đồng chí là giáo viên (28 đồng chí giáo viên có trình độ đại học sư phạm, 02 đồng chí có trình độ Thạc sĩ;  01 đ/c đang học Cao học; 03 đồng chí có trình độ trung cấp LLCT, 01 đồng chí đang học trung cấp LLCT); có 16 đồng chí là nhân viên (01 đại học kế toán; 01 ĐHSP Toán; 02 CĐSP; 01 trung cấp Y tế; 11 đồng chí nhân viên hợp đồng 68). Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường luôn đoàn kết, tâm huyết với nghề, nhiệt tình trong công tác giảng dạy, tận tụy, chăm sóc và nuôi dưỡng học sinh. Nhiều giáo viên có chuyên môn tốt, tham gia các kì thi giáo viên dạy giỏi cấp huyện, cấp tỉnh đều đạt giải cao. Có nhiều cán bộ, giáo viên, nhân viên đạt danh hiệu chiến sĩ thi đua, lao động tiên tiến, được Chủ tịch UBND tỉnh tặng bằng khen và có 02 cán bộ quản lý được Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen.

Trường có Chi bộ độc lập trực thuộc Huyện ủy Bảo Thắng với 26 đồng chí là Đảng viên, 03 đ/c trong Ban chi ủy. Năm 2019, chi bộ dự kiến sẽ kết nạp thêm 02 quần chúng ưu tú vào đảng, nâng số đảng viên trong chi bộ lên 28 đồng chí.

Trải qua 21 năm xây dựng và trưởng thành, nhà trường đã làm đúng chức năng, tính chất, nhiệm vụ của trường PTDT Nội trú, thực sự là nơi đào tạo cán bộ nguồn cho các xã trong huyện; nhiều học sinh đã trưởng thành, hiện đang tham gia vào các lĩnh vực kinh tế, xã hội tại địa phương, hoặc đang theo học tại các trường Cao đẳng, Đại học, trung học chuyên nghiệp, trường Đào tạo nghề...Kết quả học tập và rèn luyện của học sinh có nhiều thành tích đáng kể, chất lượng đại trà, chất lượng mũi nhọn năm sau cao hơn năm trước. Qua các năm học, nhà trường đều có đội tuyển học sinh giỏi tham gia thi cấp huyện, cấp tỉnh và đều đạt giải. Tích cực tham gia các hoạt động VHVN, TDTT cấp huyện, cấp tỉnh và đều đạt giải cao. Nhiều học sinh đã trưởng thành từ mái trường này và hiện giữ những chức vụ khác nhau trong xã hội, tiêu biểu như học sinh Thào Thị Mỉ  là Bí thư huyện Đoàn, nay là Phó chủ tịch HĐND huyện Bảo Thắng, học sinh Lý Thị Huệ nay là giáo viên dạy Tiếng Anh của nhà trường, học sinh Lù Thị Quý là sinh viên trường Đại học Y Hà Nội...

Đội ngũ các thầy cô giáo trải qua nhiều năm cũng có nhiểu thay đổi, 21 năm qua đã có 5 thầy cô lần lượt làm Hiệu trưởng và là Bí thư chi bộ (thầy giáo Nguyễn Văn Lục, cô giảo Phạm Thúy Mùi, cô giáo Quách Thị Lan Phương, thầy giáo Nguyễn Quang Hùng và hiện tại là thầy giáo Nguyễn Đắc Sơn), nhiều nhà giáo nay đã nghỉ hưu, chuyển công tác khác, chuyển vùng, chuyển trường, người đi, người đến. Tuy nhiên, tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên đều có chung một mục đích đó là “Tất cả vì học sinh thân yêu”, chăm lo dạy dỗ và nuôi dưỡng học sinh như là những người cha, người mẹ thứ hai của các em.

Với đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên, nhiệt tình, trách nhiệm; các em học sinh ngoan ngoãn, có tinh thần đoàn kết, có ý thức học tập tốt là điều kiện để trường PTDT Nội trú THCS&THPT huyện Bảo Thắng phấn đấu với mục tiêu: Dân chủ, đoàn kết, năng động, sáng tạo, đổi mới để hoàn thành xuất xắc nhiệm vụ năm học 2019-2020 và những năm tiếp theo.